หน่วยตรวจสอบภายใน ได้เริ่มขึ้นโดยกระทรวงการคลังกำหนดไว้ในระเบียบการเบิกจ่ายเงินจากคลัง พ.ศ.2505 ข้อ 50 และโดยมติคณะรัฐมนตรี ที่ สร 0201/ว 78 ลงวันที่ 19 สิงหาคม พ.ศ.2519 กำหนดให้ส่วนราชการกระทรวง ทบวง กรม มีผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการ เพื่อช่วยให้หัวหน้าส่วนราชการสามารถ ควบคุมและติดตามผลการปฏิบัติงานของหน่วยงานในสังกัด ให้เป็นไปตามเป้าหมาย อย่างมีประสิทธิภาพ และสามารถนำข้อมูลจากรายงานการตรวจสอบภายในมาใช้ประกอบการ ตัดสินใจอย่าง ถูกต้องเหมาะสม และทันต่อเหตุการณ์ โดยให้ขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการ เพื่อให้ผู้ตรวจสอบภายในสามารถปฏิบัติงานในหน้าที่ ได้อย่างเป็นอิสระ
หน่วยตรวจสอบภายใน เป็นหน่วยงานภายในของมหาวิทยาลัยนครพนม ภายใต้การกำกับดูแลของอธิการบดี มหาวิทยาลัยนครพนม ได้จัดตั้งขึ้นตามการแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนครพนมในการประชุมคณะกรรมการฯ (ก.บ.) ครั้งที่ 5 ในวันพฤหัสบดีที่ 15 พฤศจิกายน 2550 ณ ห้องประชุมสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยนครพนม โดยมีการแต่งตั้ง นางนพวรรณ ศรีสุภาพ เป็นผู้รักษาการหัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน ตามคำสั่งที่ 021/2551 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่ วันที่ 18 มกราคม 2552
